Грунт для террариума выполняет несколько функций: способствует улучшению гигиенического состояния террариума, впитывая жидкие фекалии и т. п. Некоторые виды грунта (торф, мох, земля и др.) позволяют лучше поддерживать в террариуме довольно высокий уровень влажности воздуха. Многие черепахи охотно зарываются в поверхностные слои грунта или роют в нем настоящие глубокие норы. Грунт облегчает передвижение черепах по дну террариума и препятствует появлению у них деформаций конечностей и потертостей. Наконец, грунт обладает декоративными свойствами.

В террариумах для рептилий грунт (так же, как декорация и озеленение) не является обязательным элементом. Подбор грунта осуществляется с учетом экологических потребностей вида.

Так, для рептилий, нуждающихся в высокой влажности (например, для некоторых черепах), в качестве грунта можно использовать различные виды его, хорошо держащие воду, - мох, сфагновый торф, листовой опад и т. п. Использование твердых видов грунта с острыми краями (таких, как гранитная крошка) может привести к травмированию животных. Лучше использовать те виды грунта, которые позволяют легко проводить уборку и дезинфекцию, имеющиеся в достаточном количестве для частой замены - стружку, землю, галечник или ракушечник и т. д. Особо необходимо остановиться на таком грунте, как песок, часто используемый начинающими террариумистами. Так же, как и в террариумах для амфибий, в террариумах для рептилий песок - один из самых неудачных видов грунта. Он имеет плохие гигиенические качества - не впитывает жидкую часть фекалий, а твердую часть их животные, как правило, зарывают в толщу песка, приводя к общему загрязнению. Неудачен песок как субстрат и в плане поддержания влажности. Как уже говорилось, он либо чрезмерно сух и пылит, либо совсем сырой, что способствует развитию заболеваний у животных. Увлажнение его возможно только снизу из-за плохой смачиваемости поверхности.
Грунт в террариуме для карантинирования вновь поступивших или больных животных должен в первую очередь отличаться хорошими гигиеническими свойствами и быть легко доступным, что позволит сменять его так часто, как это необходимо. Особенно удобны в этому случае бумажные полотенца, салфетки, резаная бумага, древесные стружки.
Независимо от типа грунта в террариуме необходимо предусмотреть дренажную систему. При регулярном увлажнении существует высокая вероятность пере увлажнения грунта, его закисания. А это может способствовать развитию у обитателей террариума целого ряда заболеваний.